Статус сіяних отримали переможці груп, а також чотири невдахи Ліги чемпіонів з найвищим клубним рейтингом. Несіяними будуть інші чотири команди з Ліги чемпіонів та 12 клубів, які фінішували другими на груповому етапі Ліги Європи. Несіяні команди проведуть перші матчі 1/16 фіналу вдома. Клуби з однієї країни, а також команди, які зустрічалися на груповому етапі, будуть розведені.

Далі відбудолось жеребкування 1/8 фіналу, де вже не було сіяних команд. У один кошик помістили 16 кульок, в кожній з яких був папірець з написом "Переможець пари 1", "Переможець пари 2" і так далі. Команда, назву якої витягнули з кошика першою, розпочне боротьбу за вихід до наступного раунду на власному полі. Таким чином, були визначені вісім пар суперників. Під час жеребкування 1/8 фіналу клуби з однієї країни вже можуть зустрітися один з одним.

1/16 фіналу Ліги Європи:

Матч 1. Наполі - Вільярреал.

Матч 2. Рейнджерс - Спортінг

Матч 3. Спарта - Ліверпуль

Матч 4. Андерлєхт - Аякс

Матч 5. Лєх - Брага

Матч 6. Бешикташ - Динамо Київ

Матч 7. Базель - Спартак Москва

Матч 8. Янг Бойз - Зеніт

Матч 9. Аріс - Манчестер Сіті

Матч 10. ПАОК - ЦСКА Москва

Матч 11. Севілья - Порту

Матч 12. Рубін - Твенте

Матч 13. Лілль - ПСВ

Матч 14. Бенфіка - Штутгарт

Матч 15. БАТЕ - ПСЖ

Матч 16. Металіст - Байєр

Пари 1/8 фіналу Ліги Європи:

Бенфіка/Штутгарт - БАТЕ/ПСЖ

Бешикташ/Динамо Київ - Аріс/Манчестер Сіті

Рубін/Твенте - Янг Бойз/Зеніт

ПАОК/ЦСКА - Севілья/Порту

Лілль/ПСВ - Рейнджерс/Спортінг

Металіст/Байєр - Наполі/Вільярреал

Андерлєхт/Аякс - Базель/Спартак Москва

Спарта/Ліверпуль - Лєх/Брага